En l'absence de toute médiation hormonale, les constituants majeurs (glucose, acides gras, acides aminés) ou mineurs (fer, vitamines...) de l'alimentation peuvent contrôler l'expression de très nombreux gènes. Cette revue à pour objectif de décrire les mécanismes moléculaires par lesquels les acides gras à chaîne longue régulent positivement ou négativement l'expression de nombreux gènes impliqués dans leur propre métabolisme. Les acides gras non estérifiés ou leur ester de Coenzyme A semblent être les principaux métabolites intracellulaires responsables de l'effet transcriptionnel des acides gras. L'effet des acides gras peut être soit direct, suite à leur liaison spécifique à de nombreux récepteurs nucléaires (PPAR, LXR, HNF-4a) entraînant des modifications de l'activité trans-activatrice de ces facteurs de transcription, soit indirect, secondairement à des changements dans l'abondance de facteurs de transcription régulateurs de l'expression de certains gènes (SREBP-1c, ChREBP...). L'importance relative de chacun de ces facteurs de transcription dans la régulation positive ou négative de l'expression génique induite par les acides gras est discutée.