Les ouvrages de Jean Markale n'ont pas été considérés comme des ouvrages scientifiques de qualité. Christian-Joseph Guyonvarc'h, dans Textes Mythologiques Irlandais4, critique son ouvrage L'épopée celtique en Bretagne :
« M. Jean Bertrand, dit Jean Markale, se fait parfois passer pour professeur de lettres classiques. Il ne dit jamais où il enseigne ; Mais (…) il ne sait pas accentuer le grec, ignore tout du latin (…) il ne sait pas combien de cas comporte la déclinaison irlandaise (tantôt deux, tantôt trois)(...) Jean Markale lui-même se cite très complaisamment dans ses publications ultérieures et, chaque fois qu'il est question d'un texte irlandais, il renvoie à L'épopée Celtique comme si cet ouvrage contenait des traductions ou constituait la référence essentielle. Tout cela est, au mieux, une plaisanterie. »
De même, dans son compte rendu du livre Les Celtes et la civilisation celtique. Mythe et histoire, Michel Meslin parle d'une « abondance de simplifications outrancières », d'une « ignorance même des méthodes les plus élémentaires de l’histoire des religions » et de « multiples erreurs matérielles », classant le livre parmi les « plaidoyers pseudo-scientifiques5 ».
Les éditions Sand ont été condamnées en 1990 dans une affaire de plagiat en 1989, ayant fait reparaître sous le nom de Jean Markale le Guide de la Bretagne Mystérieuse, publié vingt ans plus tôt par Gwenc'hlan Le Scouëzec chez Tchou (appartenant aux éditions Sand), qui avait déjà édité l'original dans la même collection6.