Kooperative Haarnadel-Dimere für die Erkennung von DNA durch Pyrrol/Imidazol-Polyamide
✍ Scribed by John W. Trauger; Eldon E. Baird; Peter B. Dervan
- Publisher
- John Wiley and Sons
- Year
- 1998
- Tongue
- English
- Weight
- 145 KB
- Volume
- 110
- Category
- Article
- ISSN
- 0044-8249
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✦ Synopsis
Kleine Moleküle, die in die Zelle eindringen können und dort an DNA-Abschnitte sequenzspezifisch binden, können gezielt zur Kontrolle der Genexpression verwendet werden. [1, 2] Kürzlich wurde gezeigt, daû ein Polyamid mit acht heterocyclischen Einheiten an einen DNA-Abschnitt aus sechs aufeinanderfolgenden Basenpaaren bindet und die Transkription des entsprechenden Gens in einer Zellkultur bindungen wurden durch HPLC und MS auf ihre Reinheit und Identität geprüft (Tabelle 1).
Die hohe Reinheit der erwarteten Produkte, nach einer immerhin neunstufigen Festphasensynthese, kann in direktem Zusammenhang mit der angewendeten intrinsischen Reinigung gesehen werden. Das Verfahren beruht darauf, daû nach der Umsetzung mit Isocyanaten nur die Moleküle durch Cyclisierung vom Harz abgelöst werden, die unter erfolgreichem Aufbau des 2-Aminothiazol-Templates hergestellt wurden. Durch sorgfältige Auswahl der Synthesestrategie konnte somit nachgewiesen werden, daû sich eine vielstufige Festphasensynthese zum Aufbau strukturell komplexer und qualitativ hochwertiger Molekülbibliotheken eignet.
Experimentelles
HPLC: LiChroCART 125-4, Lichrospher, RP-select B; Laufmittelzusammensetzung: CH 3 CN/H 2 O, 1/1 (1 min), CH 3 CN/H 2 O, 1/1 33/1 (4 min), CH 3 CN/H 2 O, 3/1 (3 min); Flieûgeschwindigkeit 1 mL min À1 . 2 a ± c: Hergestellt durch Veresterung von 4-Hydroxybuttersäurebenzylester [3] mit entsprechenden N-Boc-Aminosäuren (N-(3-Dimethylaminopropyl)-N'-ethylcarbodiimid-hydrochlorid (EDC), 4-Dimethylaminopyridin (DMAP), CH 2 Cl 2 ) und anschlieûender Hydrogenolyse der Benzylester (H 2 , 10 % Pd auf Aktivkohle, EtOH).
Modifiziertes Benzhydrylaminharz: Benzhydrylaminharz (0.9 mmol NH 2 -Gruppen pro Gramm) wurde mit 9-Fluorenylmethoxycarbonyl(Fmoc)geschützter 6-Aminohexansäure (TPTU, iPrNEt 2 , DMF) gekuppelt, und anschlieûend wurde die Fmoc-Gruppe abgespalten (20 % Piperidin in DMF). Bei allen Festphasenreaktionen wurden die Reagentien im Überschuû eingesetzt (1.2 ± 1.5 mmol g À1 ). Nach beendeter Reaktion wurden die Harze mehrfach mit DMF, iPrOH und Et 2 O gewaschen. Nach Abspaltung vom polymeren Träger wurden die Produktlösungen durch eine möglichst geringe Menge an neutralem Aluminiumoxid (Aktivität 3) filtriert und unter vermindertem Druck vollständig eingedampft.