L'étude du déterminisme des maladies auto-immunes (MAI), dont la génétique fait partie, a connu des avancées spectaculaires lors des dix dernières années, permettant une meilleure compréhension des mécanismes physiopathologiques qui sous-tendent l'apparition du phénotype maladie. Les études d'association génétique ont permis l'identification de voies physiopathologiques essentielles à l'émergence du phénotype auto-immun. Parmi ces voies, on notera la modulation de la signalisation cellulaire T et B (PTPN22, BANK1, BLK), la modification des mécanismes de co-stimulation (ITGAM, CTLA4, CD226, OX40L, CD40), la voie NF-B (TNFAIP3, c-REL, CD40) et la voie IFN de type 1 (IRF5, STAT4). De cette première vague de résultats, on retiendra plusieurs informations : (i) les MAI partagent un fond génétique commun ; (ii) conséquence directe de la nature multifactorielle des MAI, le poids de chaque allèle de susceptibilité est relativement modeste ; (iii) à ce jour, le rôle fonctionnel de ces allèles à risque n'a été élucidé que pour très peu d'entre eux. Enfin, le déterminisme des maladies complexes résulte de la conjonction d'un fond de susceptibilité génétique et de l'exposition des facteurs environnementaux. L'étude du déterminisme de ces pathologies multifactorielles devra obligatoirement inclure la variable « environnement » afin d'évaluer non seulement la part de la composante environnementale, mais aussi les probables interactions gène-environnement.